A gyűjtemény Európa tíz legnagyobb és fajokban leggazdagabb emlősgyűjteményeinek egyike, több mint 45 ezer példányt és 1600 fajt tartalmaz. A teljes alakos preparátumok száma meghaladja az 1300 példányt.
Az emlősöknek az ember életében játszott fontos szerepének, közkedveltségének és közismertségének köszönhetően a gyűjtemény aktívan és hatékonyan segíti a hazai oktatást (az általános iskoláktól kezdve az egyetemi képzésekig), a gyűjteményi vezetésekkel és foglalkozásokkal a múzeum köznevelési céljait, és fontos szerepet tölt be kiállítási tevékenységünkben is. A célzott gyűjteményfejlesztéseknek köszönhetően tucatnyi nemzetközi projekt résztvevője, szorosan kapcsolódik a denevérvirológiai és parazitológiai kutatásokhoz, a jellegzetes pannon élőhelyek és védett emlősfajok megőrzéséhez, valamint a délkelet-ázsiai területalapú természetvédelmi programokhoz.
