Az Algagyűjtemény (csakúgy, mint maguk az „algák”) heterogén, több alegységből áll, benne herbáriumi lapok, fiolák, mikroszkópi készítmények, pásztázó elektronmikroszkópos vizsgálatra előkészített anyagok egyaránt találhatók. Az Algagyűjtemény világgyűjtemény, tengeri, édesvízi, szárazföldi algák és cianobaktériumok is vannak benne.
A gyűjteményben jelenleg több mint húszezer egységet tartunk nyilván. A mikroszkópos készítmények legértékesebb része egy felvidéki orvos, amatőr algológus, Pantocsek József (1846–1916) 918 kovamoszat-preparátuma, ezek még ma is nagy nemzetközi érdeklődésre tartanak számot. Ez alig egyötöde az eredeti gyűjteménynek, a többi sajnos a II. világháborúban megsemmisült.
